Los primeros indicios de ocupación humana se remontan a la época pretalayótica (2000-1400 adC) aunque la llegada del hombre a la isla se produjera 3000 años antes. Hacia el 1400 fuera por la evolución de las comunidades autóctonas o la llegada de nuevas poblaciones mediterráneas, se produce un cambio estructural en la prehistoria mallorquina y nace la cultura talayótica, caracterizada por su arquitectura, los talayots (véase megalitismo).

La presencia griega y la fundación de la colonia púnica de Ebusus en el 654 adC introducirá nuevos modos de vida y creencias en la sociedad mallorquina. Durante los siglos VIII y IX las Islas Baleares se encuentran sometidas a las principales potencias mediterráneas Bizancio, el Islam y el Reino Carolingio, hasta que las expediciones musulmanas contra las islas finalizan en 902 con la conquista de las islas por el Emirato de Córdoba. Las diferentes etapas islámicas finalizan con la conquista catalana en 1229.

La presencia mulsulmana en la isla se deja sentir en la dispersión de la población rural en alquerías, con frecuencia origen de las actuales ciudades, así como en topónimos de origen áraba o bereber. La ciudad de Manacor se remonta probablemente a las épocas anteriores a la dominación musulmana a tenor de los restos recuperados en la actual iglesia parroquial.

En 1300 Jaime II de Mallorca concedió a Manacor el estaturo de villa. En aquellos momentos contaba con con una población de cierta importancia mencionando se la existencia de una parroquia ya en el año 1236. De la antigua urbanización se conservan la Torre del Palau y la fortificación de algunas casas rurales (Torres de ses Puntes y dels Enagistes).

En la Edad Media tuvo especial relevancia la personalidad de Simón Ballester el tuerto (conocido como Simón Tort) natural de Manacor que fue uno de los caudillos de la revuelta social mallorquina. Tras un primer sitio de la ciudad de Palma de Mallorca en 1450 al frente de 2000 payeses se reunió infructuosamente en Manacor con el gobernador. Tras dos nuevos sitios a la ciudad la revuelta fue finalmente sofocada en 1452.

En 1912 Alfonso XIII le concede a Manacor el título de Ciudad. 

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